在日本這一“怪獸大國”，人們的日常生活遭受著怪獸的無情破壞。主人公日比野卡夫卡，小時候住的城市遭到破壞，他與青梅竹馬亞白米娜做出了“將怪獸全部消滅”的約定。然而，32歲的卡夫卡夢想破滅，就職于一家怪獸尸體解體公司“怪獸清潔公司”。相比米娜作為日本防衛隊隊員而日漸活躍，卡夫卡每天都過著憂郁的生活。過來打工的市川萊諾告訴他，防衛隊的年齡限制將會提高，并勸他去參加入隊考試。于是重新下定決心的卡夫卡，卻突然受到神秘生物的侵蝕，身體開始怪獸化，被稱為“怪獸8號”。